原則上，針對畜禽養(yǎng)殖污染物排放超標(biāo)及不正常使用污染治理設(shè)施等違法行為，可以依據(jù)相應(yīng)條款進行處罰。除此之外，法律有特殊規(guī)定的，可以根據(jù)特殊規(guī)定進行處罰。

水污染方面，根據(jù)《水污染防治法》規(guī)定，向水體排放、傾倒工業(yè)廢渣、城鎮(zhèn)垃圾或者其他廢棄物，或者在江河、湖泊、運河、渠道、水庫最高水位線以下的灘地、岸坡堆放、存貯固體廢棄物或者其他污染物的，由縣級以上地方人民政府環(huán)境保護主管部門責(zé)令停止違法行為，限期采取治理措施，消除污染，處以罰款；逾期不采取治理措施的，環(huán)境保護主管部門可以指定有治理能力的單位代為治理，所需費用由違法者承擔(dān)。

大氣污染方面，根據(jù)《大氣污染防治法》規(guī)定，未采取措施防止排放惡臭氣體行為的，由縣級以上人民政府環(huán)境保護等主管部門按照職責(zé)責(zé)令改正，處1萬元以上10萬元以下罰款；拒不改正的，責(zé)令停工整治或者停業(yè)整治。

固廢污染方面，根據(jù)《固體廢物污染環(huán)境防治法》規(guī)定，從事畜禽規(guī)模養(yǎng)殖未按照國家有關(guān)規(guī)定收集、貯存、處置畜禽糞便，造成環(huán)境污染的，由縣級以上地方人民政府環(huán)境保護行政主管部門責(zé)令限期改正，可處5萬元以下的罰款。